Une prise en charge en naturopathie débute par une anamnèse, à savoir un questionnement sur l'état de santé actuel du patient, ses traitements médicaux, ses antécédents, ses habitudes et son mode de vie. Le naturopathe demande au patient son niveau de confort par rapport à son sommeil, sa digestion, son humeur, sa libido, etc.
Le naturopathe établit un bilan vital (ou bilan de vitalité), qui estime la force vitale du patient, afin de déterminer comment la renforcer. D'après la morphologie et le comportement, le/la naturopathe détermine le tempérament du patient, qui permettra d'adapter le traitement.
Puis, le naturopathe propose un programme d'hygiène de vie basé sur trois points:
- l'alimentation
- l'activité physique
- l'hygiène psychique
En effet, la naturopathie prend en compte l'humain dans sa globalité.
Rappelons enfin que la naturopathie est une médecine complémentaire, à savoir qu'elle ne se substitue en aucun cas à la médecine classique.